داستان بازی خشم کین به طور کامل بر روی شخصیت کین متمرکز است. در این نسخه از بازی اتحاد برادری ناد و کین بعد از پشت سر‌گذاشتن اتفاقات بازی C&C Firestorm ، دوباره با قدرت شکل می‌گیرد. موضوع اصلی بازی به سه دوره مختلف تقسیم می‌شود. بازی بعد از طوفان آتش در C&C Tiberian sun به طور کوتاه آغاز شده و در ادامه ماموریت‌ها و اتفاقات گذشته را نشان می‌‌دهد و در نهایت دوره‌ای که به زمان حال بازمی‌گردد.
مشخصه اصلی بازی روند جدید آن است که GCM (سبک غلبه جهانی) نامیده می‌شود. در این نوع از بازی می توانید ارتش‌تان را دور نقشه جهان حرکت داده و با استراتژی خاصی که در بازی C&C به کار می‌برید همدیگر را در جنگ نابود کنید. به غیر از حالت GCM ، حالت داستانی بازی دارای 13 مرحله است. نکته جدید در این قسمت اضافه شدن دو زیر گروه به هرکدام از گروه‌های GDI ، NOD و Scrin است.